A fines de septiembre de 1898, después de 30 años de ausencia, Eugenio María de Hostos regresó a Puerto Rico. Poco después organizó la Liga de Patriotas en el pueblo de Juana Díaz para luchar contra los estragos del régimen colonial.
La Liga de Patriotas Puertorriqueños fue una de las primeras organizaciones no gubernamentales (ONG) que se crearon en la isla y en Latinoamérica. Su fin era promover el desarrollo humano. En todos los pueblos y ciudades se crearían institutos municipales que promoverían la instrucción gratuita, desde el kindergarten hasta la escuela secundaria, y la participación cívica en distintas comisiones de acción ciudadana. Incluía también una escuela nocturna para obreros, un periódico y ciclos de conferencias dominicales. Buscaba transformar la terrible situación que se vivía en nuestro país y descolonizar la psique de los puertorriqueños mediante la educación, la participación democrática y la autogestión. Decía Hostos que había que hacer política “al revés”, fuera de los partidos políticos.
Hostos fundó dos institutos municipales que funcionaron durante varios meses, primero en Juana Díaz y, cuando surgieron objeciones por el edificio que se le había asignado, mudó su gestión a Mayagüez, donde también encontró obstáculos. Otra idea de Hostos fue la de realizar un plebiscito para que los puertorriqueños decidieran su destino. Pero el apoyo que recibió no fue el que esperaba. Invitado por el nuevo gobierno dominicano, después del asesinato del dictador Ulises Heureaux, Hostos decidió regresar a Santo Domingo.
La Liga de Patriotas no tuvo éxito, pero creó un importante precedente al identificar la educación, la participación cívica y la autogestión como instrumentos clave para combatir la pobreza y el coloniaje.